Khoai tây đã mọc mầm chứa nhiều chất độc. Khi thấy củ khoai tây đã mọc mầm thì nên vứt bỏ, tuyệt đối không nên ăn.

Khoai tây chứa những hợp chất độc hại được biết đến như là các glycoalkaloid, phổ biến nhất là solanin và chaconin.[cần dẫn nguồn] Solanin cũng được tìm thấy trong một số cây như cây bạch anh độc, thiên tiên tử (Hyoscyamus niger), cây thuốc lá (Nicotiana spp.), cà tím và cà chua. Độc tố này ảnh hưởng đến hệ thần kinh, gây ra sự yếu ớt và nhầm lẫn.[cần dẫn nguồn]

Các chất thuốc bảo vệ thực vật, tích tụ ở phần lá, mầm và quả khoai tây.[cần dẫn nguồn] Nấu ăn trên 170 °C làm giảm chất độc.[cần dẫn nguồn] Nồng độ của glycoalkaloid trong khoai tây hoang dã đủ để gây hại cho cơ thể người, nó gây ra nhức đầu, tiêu chảy, chuột rút và nghiêm trọng hơn khiến người ăn hôn mê dẫn tới tử vong. Tuy vậy ngộ độc do khoai tây rất ít xảy ra.[cần dẫn nguồn] Ánh sáng làm diệp lục tổng hợp clorophyl, đó là nguyên nhân khiến một số khu vực của củ có thể độc. Một số giống khoai tây chứa nhiều chất độc glycoalkaloid hơn các giống khác, các nhà lai tạo giống thông qua thử nghiệm sẽ loại bỏ các cây có tính độc. Họ cố gắng giữ mức solanin dưới 200 mg/kg. Tuy nhiên, khi các củ giống thương mại có màu xanh, hàm lượng chất solanin có thể lên tới 1.000 mg/kg. Trong một củ khoai tây bình thường có 12–20 mg/kg glycoalkaloid, củ khoai tây có mầm là 250–280 mg/kg, trong củ khoai tây vỏ xanh là 1.500-2.200 mg/kg.[cần dẫn nguồn]